🧬 Omics Analytics Dashboard

Plateforme web interactive et modulaire pour l'exploration, la normalisation et la visualisation de données d'expression génique et biostatistiques omiques.

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🎯 Aperçu du projet

Omics Analytics Dashboard est un outil conçu pour les chercheurs et bioinformaticiens souhaitant analyser rapidement des profils d'expression génique à partir de fichiers CSV hétérogènes.

L'application intègre un moteur d'ingestion intelligent basé sur des alias de colonnes pour supporter automatiquement divers formats de données (RNA-seq, qPCR, puces à ADN) sans reformatage manuel préalable.

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✨ Fonctionnalités clés

• Ingestion universelle & nettoyage automatique :
  • Cartographie dynamique des en-têtes (gene_symbol, sample, cpm, log2fc, pvalue, etc.).
  • Normalisation automatique des types, suppression des espaces parasites et conversion des décimales.
  • Validation stricte des données de structure.
• Interface Bioinformatique dédiée :
  • Thème sombre inspiré des outils d'analyse omique avec filigrane d'ADN et icônes scientifiques FontAwesome.
  • Réactivité complète et cartes de contrôles intégrées.
• Visualisations interactives (Plotly) :
  • Barplot (Expression) : Comparaison groupée par condition avec affichage exhaustif des gènes sur l'axe X.
  • Heatmap : Matrice d'expression (Gènes $\times$ Conditions) pour détecter les profils globaux.
  • Volcano Plot : Cartographie de la significativité statistique ($\log_2\text{FC}$ vs $-\log_{10}(P\text{-value})$).
• Architecture orientée objet (POO) :
  • Respect du principe Open/Closed permettant d'étendre la détection de variables sans modifier les loaders existants.

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🏗️ Architecture du projet

Dashboard/
├── assets/
│   └── style.css              # Style CSS personnalisés (thème sombre, fond ADN)
├── data/
│   └── loaders.py             # Logique d'ingestion POO (DataLoader, CSVLoader, OmicsLoader)
├── tests/
│   └── test_loaders.py        # Suite de tests unitaires (pytest)
├── app.py                     # Application Dash, layouts et callbacks
├── test_omics_10features.csv  # Fichier CSV de démonstration
├── requirements.txt           # Dépendances du projet
└── README.md                  # Documentation